一般に宝石として鑑別の対象となるのは、ダイヤモンド、ルビー、サファイア、エメラルドのような自然界で生成された鉱物です。鉱物は原子が規則正しく配列した無機質の単結晶で、ほぼ一定の化学組成を有しています（例外的にオパールのような非晶質素材も含まれます）。

一方、複数の鉱物が集合したものは岩石と呼ばれます。ヒスイやラピスラズリは岩石の一種で宝石としても良く知られています。この他に見た目の美しい岩石が装飾用に供せられることがありますが、多くの場合適切な宝石名を付与することができません。岩石の名称を決定するためには、個々の構成鉱物の同定を行わなければならず、たいてい破壊検査を必要とします。そのため、宝石検査の範囲外となります。

生物の営みに関与して生成する有機質素材に真珠、コハク、べっ甲などがあります。これらには概観を模倣した人工素材が多くあり、非破壊における標準的な宝石学的検査においては鑑別が困難な場合があります。◆